لتحقيق رسالة وأهداف الوزارة فإنها تعكف على تنفيذ المهام الأساسية التالية:

1. وضع الخطط لتنفيذ السياسة المالية للدولة، ومتابعة تحقيق وتحصيل الإيرادات العامة وتوريدها للخزينة، والإشراف على صرف النفقات العامة، وتنظيم الحسابات المتعلقة بالإيرادات والنفقات، وفقا للتشريعات المالية المعمول بها.

2. إدارة التدفقات النقدية لتأمين السيولة، وتوجيه الاستثمار الحكومي، بما يتفق مع السياسات المالية والنقدية للحكومة.

3. دراسة الأوضاع المالية والنقدية والاقتصادية وتحليلها، وتقييم السياسات المالية والإجراءات الضريبية.

4. إعداد مشاريع التشريعات المالية المتعلقة بالإيرادات العامة والنفقات العامة والعمل على تطويرها و تحديثها.

5. التعاون والتنسيق مع سلطة النقد الفلسطينية بما يحقق الانسجام بين السياسات المالية والنقدية خدمة للاقتصاد الوطني.

6. إبداء الرأي والمشورة في مشاريع القوانين والأنظمة والاتفاقيات وأي مواضيع أخرى ترتب التزامات مالية.

7. إدارة وتسوية الرواتب وإدارة شؤون التقاعد المدني والتعويضات وفقا لأحكام القوانين والأنظمة المعمول بها.

9. التعاون والتنسيق مع الوزارات والدوائر الحكومية لتدريب وتأهيل الكوادر ماليا ومحاسبيا.

10. دراسة القضايا التي تنشأ عنها حقوق للحكومة أو تتطلب إقامة دعاوى عليها لدى المحاكم المختصة ومتابعتها.

11. التنسيق مع جميع الوزارات والمؤسسات الحكومية بخصوص تجهيز وإعداد الموازنة العامة.

12. وضع التعليمات والمعايير والنماذج المطلوبة لإدارة المالية ضمن الوزارات والمؤسسات الحكومية، وتدريب المسؤولين الماليين في الوزارات على تطبيقها و استعمالها.

13. التدقيق و الرقابة على جميع المعاملات المالية بما يتضمن الالتزام بالمبادئ المحاسبية المعتمدة قانونيا، وتحقيق مبدأ الشفافية والمساءلة خلال جميع مراحلها.

14. التعاون مع جميع الوزارات والمؤسسات الحكومية لإنجاز الموازنات الخاصة بها، كما تراقب الوزارة تنفيذ المصروفات وفق الموازنات والأوامر المالية المقررة والمعتمدة .

15. الإشراف والمراقبة على صناديق المال الخاصة بالسلطة الوطنية الفلسطينية.

16. الالتزام بمبدأ استعمال حساب الخزينة الموحد فيما يتعلق بإيرادات ومصروفات الجهاز الحكومي.

17. تأمين اللوازم و الخدمات المشتركة لمختلف وزارات ومؤسسات السلطة من خلال إدارة اللوازم العامة، وتطبيق قانون اللوازم العامة رقم (9) 1998، بما يحقق الحصول على أفضل السلع و الخدمات وبأقل تكلفة، وإحكام الرقابة للمحافظة على المال العام.

18. مراقبة ومتابعة تطبيق أحكام التشريعات المالية نافذة المفعول.